反沖洗后鐵錳細菌數量的大幅度下降由兩個原因造成，一是因為反沖洗將濾層中大量鐵泥沖出，試驗中觀察到反沖洗操作的前30秒內反沖洗出水完全呈黑色，且含有絮狀沉淀物。鐵泥中的菌膠團包含有大量鐵、錳氧化細菌，致使鐵細菌數下降，同時反沖洗使錳砂濾料表面的生物膜也有部分脫落。二是說明此反沖洗強度有些偏大，時間歷時也偏長，造成生物濾層微生物群落的破壞，大量的菌膠團隨反沖洗水沖出，不利于反沖洗后錳砂濾柱處理能力的恢復。從反沖洗后不同濾層深度的鐵細菌數量變化也可看出，隨錳砂濾層深度增加鐵細菌數最并未發生很大變化，說明反沖洗使得錳砂濾柱各部的濾料呈流化狀態運動，頂部生物最豐富的濾料得以到達濾柱底部，完全達到了反沖洗的目的，但鐵錳細菌數量的大幅度下降又說明反沖洗操作需要降低強度。

    成熟的錳砂生物濾層在周期性的反沖洗條件下，沒有受到過度的沖擊，生物量的適度減少，并不影響處理效果。生物除鐵除錳濾層中細菌的分布不單附著在濾料表面生物膜，而且還包埋于濾料縫隙的鐵泥中，控制適宜的反沖洗強度和時間，使部分截留的鐵泥隨水流流出濾層，濾料生物膜得以更新，使濾層中維持著相當數量的鐵、錳氧化細菌數和種群優勢，可以保證細菌的繁殖和生態系統的穩定，同時保證整個濾柱中的生物量仍較高，確保生物膜經短時間即可恢復，才可保證錳砂濾料的處理能力。